まずその、召喚方法。召喚に必要とされるカードは、
　・融合召喚
　　・融合魔法カード１枚＋指定された融合素材一組
　　・融合素材は基本的に場／手札から使用できる
　　・墓地／デッキのカードを素材にできるカードも存在する
　・シンクロ召喚
　　・チューナー＋チューナー以外１体以上
　　・ただし、チューナーを指定するものや、規定枚数が異なるものも存在する。
融合召喚の場合、基本的に融合素材と融合魔法の最低３枚を必要とすることになる。
墓地を利用する場合はそこに送るための時間や手間がかかるし、デッキから直接おこなえる未来融合にはタイムラグと破壊リスクがあるので、やはり３枚以上と考えていいだろう。
それに対し、シンクロはフィールド限定であるものの、２枚から行うことができる。ジャンク・シンクロンなどを利用すれば、カードを１枚出すだけで、その効果により素材をそろえることも可能。レスキューキャットから素材を呼び出せば、やはり実質１枚から呼び出せる形。
つまり、融合が最低３枚を有するのに対し、シンクロは１枚からでもおこなえるという絶対的な速度差が存在することになる。

融合には専用サポートで沼地の魔神王やフォレストマンも存在するが、シンクロにはジャンク・ウォリアーなどを除いて素材に縛りがなく、ジャンク・ウォリアーなどの場合もチューナー以外のモンスターは自由に選べるので、そもそも魔神王の「素材を代用する」という概念自体が、必要ない。同様に、融合魔法カードにあたるカードがないため、フォレストマンのようなサーチの手間もかからない。
そして何より、融合モンスターは特定のデッキにしか使用できない汎用性の低さが存在する。
規定の融合素材一組を用いる必要があるため、その融合素材の使用されるデッキでしか採用はありえない。
シンクロ召喚は素材に縛りがほぼ皆無のため、適当なチューナーさえ入れれば、ほとんどのデッキで運用できる。
この差は、あまりにも大きすぎる。

性能面。
融合モンスターがこれまで、通常のカードより優れていた点としては、
　・特定カード＋魔神王で複数のカードを使い分けられる　（Ｅ・ＨＥＲＯなど）
　・通常の同ランクモンスターよりも強力な効果　（サイバー・ツイン・ドラゴンなど）
　・通常のカードよりも高い攻撃力　（ＦＧＤなど）
などがあげられる。
しかし、レベルさえあれば自由に先を選べるシンクロ召喚の多様性は、Ｅ・ＨＥＲＯをもはるかに凌駕する。
ゴヨウ・ガーディアンやブリューナクなどは、召喚難易度に対する効果の強力さは、申し分がないだろう。
現状では圧倒的攻撃力のシンクロモンスターは登場していないが、☆６にして２８００ノンデメリットのゴヨウなどをみれば、将来的に高攻撃力が登場するであろうことは容易に想像できる。ミスト・ウォームなどから、重量級シンクロもあらわれるだろう。
すでに、種類はすくないながら融合モンスターの「複数のカードと条件を要してでも使用するだけの高性能」は、シンクロモンスターも手にしているわけだ。
さらに、一般に強力な融合モンスターには、
　・このカードは融合召喚でのみ特殊召喚可能
　・このカードの融合素材は上記のカードでしかおこなえない。
のいずれかがついている場合が多い。そうしたリスクもないぶん、シンクロのほうがやはり勝手はいい。死者蘇生が解禁されている今なら、融合召喚でしか出せない点は敵に奪われないという意味にも取れるかもしれないが、やはり差し引きでみれば、自分も蘇生できない点はきついだろう。

メタ。
どちらも特殊召喚であるため、
　・特殊召喚を封じるカード　（虚無魔人／王宮の弾圧など）
でメタを貼ることはできる。
それ以外の手段で止めるばあい
　・融合召喚
　　・融合魔法カードを無効にする　（マジック・ジャマー／神の宣告など）
　　・選択された融合モンスターの素材を離れさせ不発にする　（ＤＤクロウ／マインドクラッシュなど）
　・シンクロ召喚
　　・召喚ルールによる特殊召喚を無効にする　（昇天の黒角笛／神の宣告など）
　　・チューナーの召喚・特殊召喚時に敵のモンスターを除去して数を合わせないようにする
などがおもなところ。
そうしたとき、神の宣告ならいずれにも対処できるが、マジック・ジャマーと昇天の黒角笛などを比べれば、どちらに汎用性があるかは一目瞭然。魔法を封じるマジック・ジャマーは融合封じの他にも使えるので腐りにくいが、特殊召喚無効は腐る可能性も小さくない。
除去で対策する場合、融合の発動段階で何を融合するつもりかがわかる融合召喚に比べ、レベルだけしかわからない……チューナー以外が２体以上いるとレベルすらわからない場合もあるシンクロは、何を出されるかも漠然とした中で対処しなくてはならない。いや、シンクロするかもわからない段階でしか対処できない。
効果処理で融合素材を用いる融合召喚と違い、シンクロはシンクロ召喚使用の宣言とともに素材を送るため、シンクロされてからでは無効にするしか手がないのだ。
融合よりもシンクロのほうが、おそらくは対処がむずかしいといえる。

サポート。
先述したとおり、融合召喚用のサポートについては、シンクロではそもそもそれに当たるカード自体が存在しないし、不要である。
未来融合も、デッキから素材サーチ→即シンクロできる、レスキューキャットやサモンプリーストで代用できるだろう。特殊召喚を無効にされると水の泡にも見えるが、そもそも、特殊召喚が無効にされる／破壊される状態なら、素材確保以前にどのみち融合・シンクロは成功しないと思っていいので、あまり関係はない。
墓地融合も、ジャンク・シンクロンなど墓地のカードを蘇生してシンクロできるカードが存在するので、今後もそうしたカードが増える可能性を考えると、優位とはいいがたい。
また、融合解除にあたるシンクロキャンセルなどが出ているため、今後、融合サポートと相互のシンクロサポートも出て行くだろう。
加え、そうした融合サポートを用いる場合、よりデッキは専用のものに限定されるのだから、この場合、サポートが豊富の裏返しでサポートのある専用デッキでしか使えない、という意味でもある。
融合の専用サポートと異なり、レスキューキャットやサモンプリーストはほかの戦術や単純なモンスター展開にも使えるのだから、やはり汎用性はそちらのほうが高い。

すでに現状でも、シンクロは一部要素で融合に対し高い優位性を持っている。
今後、更なるシンクロモンスターやシンクロサポートが登場すれば、さらにその差は開いていくだろう。
ここで融合に更なるサポートが登場すれば話は別かもしれないが、コナミも商売なのだから、シンクロを捌くだけ捌くまでは、そうそう革命的な融合サポートは出してくれないだろう。過去でも、ネオス登場後の融合ＨＥＲＯなどの登場ペースが大きく衰えた事実もある。
アニメ５Ｄ’ｓでも少しは融合が使われているようなので、そこに期待、だろうか。

革新的な新ルールにより、デュエルシーンは大きく塗り替えられた。
しかし、そのためにこれまでの９年間に築かれてきた様々な歴史が崩れていくのは、必ずしもよい言とはいえないのではないだろうか。